1. Was ist eine Betriebsprüfung (Außenprüfung)?

Juristisch korrekt sprechen wir von der steuerlichen Außenprüfung. Die Betriebsprüfung ist der klassische Anwendungsfall bei Unternehmern. Die Rechtsgrundlagen finden sich in den §§ 193 ff. AO.

Im Kern geht es bei der Betriebsprüfung darum, ob

• deine Buchführung ordnungsgemäß ist,
• deine Steuererklärungen vollständig und richtig sind und
• die Steuer in der richtigen Höhe festgesetzt wurde.

Wichtig ist die Abgrenzung: Die Betriebsprüfung ist kein Strafverfahren. Sie kann aber Anknüpfungspunkt für ein Steuerstraf- oder Bußgeldverfahren sein, wenn sich im Verlauf der Prüfung entsprechende Anhaltspunkte ergeben.

Eine besondere Ausprägung ist die Umsatzsteuer-Sonderprüfung, bei der ausschließlich umsatzsteuerliche Sachverhalte geprüft werden. Dazu findest du mehr in unserem Beitrag zur Umsatzsteuer-Sonderprüfung und im Artikel zu Strafen und Bußgeldern bei der Umsatzsteuer-Sonderprüfung .

2. Warum führt das Finanzamt Betriebsprüfungen durch?

Die Betriebsprüfung hat keinen Selbstzweck. Aus Sicht des Gesetzgebers geht es vor allem um:

• die Gleichmäßigkeit der Besteuerung,
• die Sicherung des Steueraufkommens und
• die Prävention (Abschreckungswirkung gegenüber Steuerhinterziehung).

§ 194 AO bringt es auf den Punkt: Die Außenprüfung dient der Ermittlung der steuerlichen Verhältnisse des Steuerpflichtigen. Die Finanzverwaltung soll also nicht „auf Verdacht bestrafen“, sondern zunächst klären, wie die steuerlichen Sachverhalte tatsächlich aussehen.

2.1 Risikoorientierte Auswahl statt reiner Zufall

In der Praxis ist die Auswahl der zu prüfenden Betriebe heute stark risikoorientiert. Die Finanzverwaltung nutzt dafür u. a.:

• Abgleich von Steuererklärungen und Betriebsdaten,
• Plausibilitätsprüfungen (z. B. ungewöhnliche Schwankungen, niedrige Gewinne, hohe Verluste),
• Kontrollmitteilungen und Datenabgleiche (z. B. bei Kapitalerträgen, Auslandsbeziehungen, innergemeinschaftlichen Lieferungen),
• Hinweise aus anderen Prüfungen oder aus der Steuerfahndung.

Daneben gibt es stichprobenartige Prüfungen und Schwerpunktaktionen in bestimmten Branchen (z. B. Bargeldbranchen, E-Commerce, Bau, Gastronomie).

2.2 Volkswirtschaftliche Bedeutung der Betriebsprüfung

Die Bedeutung der Betriebsprüfung lässt sich auch an den offiziellen Zahlen ablesen:

• Im Jahr 2023 waren bundesweit rund 12.400 Prüfer:innen in der Betriebsprüfung tätig.
• Das dadurch erzielte steuerliche Mehrergebnis lag bei rund 13,2 Milliarden Euro, wovon der Großteil auf Großbetriebe entfiel.

Das zeigt: Die Betriebsprüfung ist aus Sicht des Fiskus ein zentrales Instrument zur Sicherung des Steueraufkommens.

3. Größenklassen und Prüfungsdichte

Ein wichtiges Element der Betriebsprüfung ist die Einteilung der Unternehmen in Größenklassen. Grundlage ist § 3 der Betriebsprüfungsordnung (BpO 2000).

3.1 Wie erfolgt die Einordnung?

Für die Einordnung in die Größenklassen gilt:

• Maßgeblich sind in der Regel Umsatz und/oder steuerlicher Gewinn, teilweise differenziert nach Betriebsart (Handel, Produktion, Freie Berufe etc.).
• Die konkreten Schwellenwerte veröffentlicht das Bundesfinanzministerium (BMF) im Abstand einiger Jahre neu. Seit 01.01.2024 gelten aktualisierte Abgrenzungsmerkmale.
• Sinkt ein Unternehmen deutlich unter die Kleinbetriebsschwelle, wird es als Kleinstbetrieb (Kst) geführt.

Für dich wichtig: Je größer der Betrieb, desto dichter die Prüfungsfrequenz. Großbetriebe werden im Prinzip laufend geprüft, während Kleinstbetriebe vergleichsweise selten eine Betriebsprüfung erleben.

3.2 Prüfungsquote und Mehrergebnis

Die Betriebsprüfung ist nicht auf „Großkonzerne“ beschränkt – aber dort wirkt sie besonders stark:

• Nur ein kleiner Teil aller Betriebe wird pro Jahr geprüft, die Durchschnittsquote lag in den letzten Jahren bei unter 2 %.
• Ein Großteil des Mehrergebnisses stammt allerdings aus Prüfungen bei Großbetrieben.

Für dich als Unternehmer:in heißt das praktisch:

• Je größer dein Unternehmen, desto wahrscheinlicher und häufiger die Prüfung.
• Aber auch kleinere Betriebe – insbesondere mit Bargeldbezug oder E-Commerce – bleiben im Fokus.

4. Historische Entwicklung und aktuelle Trends

Die Betriebsprüfung ist kein neues Instrument. Sie begleitet das deutsche Steuerrecht seit vielen Jahrzehnten – hat sich inhaltlich aber deutlich verändert.

4.1 Von Papierordnern zu digitalen Betriebsprüfungen

Früher war die Betriebsprüfung eine „Akten- und Belegschlacht“: Papierordner, manuelle Aufstellungen, Sichtung von Journalausdrucken. Mit der Einführung der GDPdU und später der GoBD hat sich das Bild grundlegend geändert:

• Heute ist der digitale Datenzugriff Standard. Prüfer arbeiten mit Datenträgerüberlassung, IDEA-Auswertungen und statistischen Analysen.
• Die GoBD verlangen eine nachvollziehbare, unveränderbare und vollständige Buchführung in elektronischen Systemen – das ist auch für die Betriebsprüfung der zentrale Maßstab.

4.2 Modernisierung der Außenprüfung

In den letzten Jahren wurde die Außenprüfung gesetzlich „modernisiert“. Ziel:

• Prüfungen zeitnäher an den Besteuerungszeitraum heranrücken,
• Verfahren beschleunigen und
• Digitalisierung stärker nutzen (z. B. elektronische Kommunikation, digitale Akten).

Dazu wurden u. a. Fristenregelungen für die Prüfungsanordnung angepasst und Möglichkeiten geschaffen, Prüfungen stärker auf bestimmte Sachverhalte zu fokussieren.

5. Typischer Ablauf einer Betriebsprüfung

Jede Betriebsprüfung ist anders – aber der grundsätzliche Ablauf folgt einem klaren Muster, das in der AO und der BpO hinterlegt ist.

5.1 Auswahl und interne Vorbereitung bei der Finanzverwaltung

Bevor bei dir etwas ankommt, läuft im Finanzamt bereits einiges:

• Auswertung deiner bisherigen Steuererklärungen und Bescheide,
• Abgleich mit Branchendaten, Kontrollmitteilungen und Risikokriterien,
• Festlegung des Prüfungsumfangs (Steuerarten, Jahre, Schwerpunkte),
• Zuordnung zu einer Prüferin / einem Prüfer.

5.2 Prüfungsanordnung (§§ 196, 197 AO)

Der offizielle Einstieg ist die Prüfungsanordnung. Sie wird dir schriftlich bekanntgegeben und enthält typischerweise:

• Name und Anschrift des geprüften Unternehmens,
• zuständiges Finanzamt und zuständige:r Prüfer:in,
• betroffene Steuerarten (z. B. Einkommensteuer, Körperschaftsteuer, Gewerbesteuer, Umsatzsteuer),
• Prüfungszeiträume (z. B. die letzten 3–4 Jahre),
• geplanter Beginn der Prüfung und Prüfungsort.

Spätestens ab diesem Zeitpunkt solltest du deinen Steuerberater einbinden, wenn das nicht ohnehin schon geschehen ist.

5.3 Vorbereitung im Unternehmen

In der Vorbereitungsphase geht es darum, die Unterlagen und Daten so aufzubereiten, dass der Prüfer effizient arbeiten kann:

• Zusammenstellung der relevanten Finanzbuchhaltung (Hauptbuch, Journale, offene Posten, Summen- und Saldenlisten),
• Zugriff bzw. Datenträgerexport aus der Fibu-Software nach den GoBD-Anforderungen (Zugriffsarten Z1–Z3),
• Jahresabschlüsse, Steuererklärungen und Bescheide der geprüften Jahre,
• Verträge (Gesellschafterverträge, Mietverträge, Darlehen, Lizenzverträge etc.),
• Unterlagen zu besonderen Themen (Betriebsaufspaltungen, Auslandssachverhalte, Verrechnungspreise, E-Commerce-Systeme).

5.4 Prüfungsbeginn und Eröffnungsbesprechung

Am ersten Prüfungstag stellt sich der Prüfer vor, weist sich aus und erläutert den geplanten Ablauf. Häufig findet eine Eröffnungsbesprechung statt:

• Vorstellung der Beteiligten (Unternehmensleitung, Steuerberater, Buchhaltung),
• Abstimmung des geplanten Prüfungsumfangs und der Schwerpunkte,
• Festlegung der Kommunikationswege und Ansprechpartner,
• ggf. erste Rückfragen zu Auffälligkeiten aus den Unterlagen.

Ab diesem Zeitpunkt ist wichtig: Kommunikation bündeln. Idealerweise laufen fachliche Rückfragen über klar definierte Ansprechpartner – typischerweise Steuerberater und erfahrene Mitarbeitende.

5.5 Durchführung der Prüfung

Im Kern der Betriebsprüfung stehen die Auswertung der Unterlagen und Daten. Typische Elemente sind:

• Plausibilitätsprüfungen: Entwicklung von Umsätzen, Gewinnen, Eigenkapital, Geldflüssen.
• Stichproben in Belegen: insbesondere bei hohen Beträgen, ungewöhnlichen Buchungen, nahestehenden Personen.
• Prüfung der Kassenführung bei Bargeldbetrieben (z. B. Kassenberichte, Zählprotokolle, Kassensystem, Z-Bons).
• Abgleich mit Verträgen: stimmen zivilrechtliche Vereinbarungen mit der steuerlichen Behandlung überein?
• Auswertung digitaler Daten: IDEA-Auswertungen, Zeitreihenvergleiche, Summen- und Saldenanalysen.

Während der Prüfung stellen Prüfer Fragen, fordern ergänzende Unterlagen an und dokumentieren ihre Feststellungen.

5.6 Zwischenbesprechungen und Kommunikation

Je länger die Prüfung dauert, desto wichtiger sind Zwischenbesprechungen:

• Klärung offener Punkte,
• Besprechung vorläufiger Mehrergebnisse,
• Erörterung von Rechtsauffassungen.

An dieser Stelle wird oft entschieden, ob bestimmte Themen „zugelassen werden“, ob man eine abweichende Rechtsauffassung vertritt oder ob ggf. bereits über Risikominderung für die Zukunft gesprochen wird.

5.7 Schlussbesprechung und Prüfungsbericht

Am Ende steht die Schlussbesprechung (§ 201 AO). Hier werden:

• alle wesentlichen Prüfungsfeststellungen zusammengefasst,
• Mehr- oder Minderergebnisse erläutert,
• Rechtsauffassungen ausgetauscht und diskutiert,
• die nächsten Schritte (geänderte Bescheide, Einspruch, Ratenzahlung etc.) skizziert.

Die Ergebnisse werden im Prüfungsbericht dokumentiert. Er ist später die Grundlage für geänderte Steuerbescheide.

6. Rechte und Pflichten während der Prüfung

Viele Unternehmer:innen unterschätzen, dass die Betriebsprüfung ein formal geregeltes Verwaltungsverfahren ist. Du hast klare Pflichten – aber auch Rechte.

6.1 Mitwirkungspflichten

Die Pflichten zur Mitwirkung ergeben sich u. a. aus:

• den allgemeinen Vorschriften der AO zur Mitwirkung,
• den speziellen Normen zur Außenprüfung (§§ 200 ff. AO),
• den GoBD (z. B. Datenzugriff, Verfahrensdokumentation).

Du bist insbesondere verpflichtet,

• Unterlagen vorzulegen,
• Auskunft zu erteilen,
• den Prüfer:innen Zugang zu den relevanten Systemen zu verschaffen.

6.2 Rechte des Unternehmens

Auf der anderen Seite hast du Rechte, etwa:

• Recht auf eine ordnungsgemäße Prüfungsanordnung (klarer Umfang, Steuerarten, Zeiträume),
• Recht auf Begleitung durch einen Steuerberater,
• Recht auf eine Schlussbesprechung zu wesentlichen Feststellungen,
• Recht auf Rechtsbehelf (Einspruch) gegen geänderte Steuerbescheide.

Wichtig: Die Diskussion über Rechtsfragen findet nicht in der Prüferkanne statt, sondern im Dialog mit dem Prüfer bzw. später im Einspruchsverfahren und notfalls vor Gericht.

7. Finanzielle Folgen, Zinsen & Strafen

Die Betriebsprüfung selbst ist – wie gesagt – keine Strafe. Die finanziellen Konsequenzen entstehen durch:

• die eigentliche Steuernachzahlung,
• Zinsen und Zuschläge als steuerliche Nebenleistungen,
• Bußgelder bei Ordnungswidrigkeiten und
• Strafen bei Steuerhinterziehung.

7.1 Steuernachzahlung und Zinsen (§ 233a AO)

Wird durch die Betriebsprüfung festgestellt, dass Steuern zu niedrig festgesetzt wurden, kommt es zur Nachforderung. Diese wird nach § 233a AO verzinst:

• Zinslauf in der Regel ab dem 15. Monat nach Ablauf des Kalenderjahrs, in dem die Steuer entstanden ist,
• Zinssatz derzeit 0,15 % pro Monat (= 1,8 % pro Jahr) für Zeiträume ab dem 01.01.2019.

7.2 Säumniszuschläge (§ 240 AO)

Wenn fällige Steuern nicht rechtzeitig gezahlt wurden, fallen Säumniszuschläge an:

• 1 % des rückständigen Steuerbetrags (abgerundet auf volle 50 Euro) pro angefangenem Monat,
• rechtlich eine steuerliche Nebenleistung, keine Strafe im engeren Sinn.

7.3 Verspätungszuschläge (§ 152 AO)

Werden Steuererklärungen verspätet abgegeben (z. B. Einkommensteuer, Körperschaftsteuer, Umsatzsteuer), kann das Finanzamt Verspätungszuschläge festsetzen:

• Der Verspätungszuschlag ist auf volle Euro abzurunden und darf höchstens 25.000 Euro betragen.
• Die konkrete Höhe richtet sich u. a. nach Dauer der Verspätung und Höhe der Steuer.

7.4 Hinterziehungszinsen (§ 235 AO)

Stellt sich im Rahmen der Betriebsprüfung heraus, dass Steuern vorsätzlich hinterzogen wurden, kommen zusätzlich Hinterziehungszinsen nach § 235 AO in Betracht. Sie knüpfen ausdrücklich an eine Steuerhinterziehung im Sinne des § 370 AO an.

7.5 Ordnungswidrigkeiten (§§ 378, 379 AO)

Wenn kein Vorsatz vorliegt, aber grobe Fahrlässigkeit, kommt die leichtfertige Steuerverkürzung nach § 378 AO ins Spiel:

• Geldbuße bis zu 50.000 Euro je Tat möglich.

Daneben erfasst § 379 AO steuergefährdende Verhaltensweisen (z. B. falsche Belege, unrichtige Rechnungen), ebenfalls mit beachtlichen Bußgeldrahmen.

7.6 Steuerhinterziehung (§ 370 AO)

Kommt die Betriebsprüfung zu dem Ergebnis, dass du oder Verantwortliche im Unternehmen vorsätzlich Steuern verkürzt haben, ist die Schwelle zur Steuerhinterziehung überschritten.

§ 370 AO sieht hierfür vor:

• Geldstrafe oder Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren im Grundtatbestand,
• in besonders schweren Fällen (z. B. Hinterziehung in großem Ausmaß) Freiheitsstrafe von sechs Monaten bis zu zehn Jahren.

Wichtig: Über diese Strafen entscheidet nicht das Finanzamt, sondern das Strafgericht, regelmäßig auf Basis von Ermittlungsergebnissen der Steuerfahndung.

7.7 Selbstanzeige und Strafzuschlag (§§ 371, 398a AO)

Eine Selbstanzeige kann in bestimmten Konstellationen zur Straffreiheit führen, ist aber an strenge Voraussetzungen gebunden. Sobald eine Betriebsprüfung angekündigt oder die Tat entdeckt ist, kann die Selbstanzeige gesperrt sein.

Bei hohen Hinterziehungsbeträgen verlangt § 398a AO zusätzlich einen Strafzuschlag, um Straffreiheit zu erreichen.

Gerade an dieser Stelle ist die Verzahnung von Steuerberatung und Steuerstrafrecht entscheidend. Mehr Infos dazu findest du auf unserer Seite Steuerstrafrecht im E-Commerce.

8. Wie oft wird geprüft? Auswahl und Prüfungsturnus

Eine häufige Frage lautet: „Wie hoch ist mein Risiko, geprüft zu werden?“ – Eine pauschale Antwort gibt es nicht, aber einige Orientierungspunkte:

• Großbetriebe werden oft im lückenlosen Turnus geprüft (quasi Dauerprüfung).
• Mittel- und Kleinbetriebe werden in größeren Abständen geprüft, teilweise nur alle paar Jahre oder sogar Jahrzehnte.
• Kleinstbetriebe werden eher anlassbezogen geprüft (z. B. bei Auffälligkeiten, Anzeigen, Kontrollmitteilungen).

Die Einordnung in die Größenklasse und interne Risikokriterien des Finanzamts bestimmen im Ergebnis, wie wahrscheinlich und wie oft dein Betrieb geprüft wird.

9. Typische Prüffelder und Risikobereiche

Bestimmte Themen tauchen in Betriebsprüfungen immer wieder auf – über Branchen hinweg:

• Kassenführung und Bargeld: ordnungsgemäße Kassenbücher, Zählprotokolle, Kassensturzfähigkeit, Einsatz von TSE-Kassensystemen.
• Verdeckte Gewinnausschüttungen: Geschäftsführergehälter, Gesellschafterdarlehen, Privatnutzung von Firmenwagen und Immobilien.
• Umsatzsteuer: innergemeinschaftliche Lieferungen, Reverse-Charge-Konstellationen, Vorsteuerabzug, Abgrenzung steuerfrei/steuerpflichtig.
• Verrechnungspreise und Leistungsbeziehungen zwischen verbundenen Unternehmen, insbesondere bei internationalen Strukturen.
• E-Commerce: Marktplätze, Zahlungsdienstleister, OSS/IOSS, Abbildung von Shop-Systemen in der Fibu.

Wenn du in einem dieser Bereiche unterwegs bist, lohnt sich eine besonders saubere Struktur und Dokumentation – nicht erst, wenn die Betriebsprüfung vor der Tür steht.

10. Checkliste: So bereitest du dich auf die Betriebsprüfung vor

Eine Betriebsprüfung ist kein Grund zur Panik – aber ein Anlass, strukturiert vorzugehen. Eine sinnvolle Basis-Checkliste sieht zum Beispiel so aus:

1. Ruhig bleiben & Unterlagen sichern
   Prüfungsanordnung prüfen, Fristen im Blick behalten, relevante Jahre und Steuerarten identifizieren.
2. Steuerberater einbinden
   Frühzeitige Abstimmung, Rollenverteilung und Kommunikationswege klären.
3. Daten- und Beleglage prüfen
   Vollständigkeit der Buchführung, GoBD-konforme Datenexporte, Verfahrensdokumentation sichten.
4. Schwachstellenanalyse
   Auffällige Entwicklungen, Streitfragen und besondere Transaktionen aufbereiten.
5. Mitarbeitende informieren
   Umgang mit Fragen des Prüfers erklären, Ansprechpartner benennen, „Smalltalk-Risiken“ sensibel ansprechen.
6. Räumliche und technische Vorbereitung
   Arbeitsplatz für den Prüfer, Zugänge zu Systemen, sichere Bereitstellung von Datenträgern.
7. Dokumentation laufend führen
   Anfragen, Antworten und besprochene Punkte während der Prüfung protokollieren.

11. Fazit & Empfehlung

Die steuerliche Betriebsprüfung ist fester Bestandteil des Steuersystems – kein Ausnahmeereignis. Sie soll sicherstellen, dass Steuern richtig und gleichmäßig festgesetzt werden.

Für dich als Unternehmer:in bedeutet das:

• Je größer dein Unternehmen, desto prüfungsnäher lebst du – insbesondere als Großbetrieb.
• Selbst bei kleineren Betrieben kann eine Betriebsprüfung jederzeit kommen, insbesondere in risikobehafteten Branchen.
• Die eigentlichen Schmerzen entstehen nicht durch den Besuch des Prüfers, sondern durch Nachzahlungen, Zinsen, Zuschläge und ggf. Strafen.

Wer seine Buchführung ordentlich organisiert, Prozesse dokumentiert und frühzeitig steuerliche Beratung einbindet, reduziert nicht nur das Risiko von Mehrergebnissen, sondern auch die nervliche Belastung in der Prüfung selbst.

Wenn du wissen möchtest, wo dein Unternehmen aktuell steht und wie prüfungssicher deine Strukturen sind, sprich uns gern an – wir schauen es uns gemeinsam an.